Οι καταβόθρες του Αργοστολίου έχουν θεωρηθεί ένα ακόμη «μυστήριο» από τα πολλά της Κεφαλονιάς. Στην άκρη της Χερσονήσου του Αργοστολίου η θάλασσα εισχωρεί στη στεριά και ρέει σε καταβόθρες. Το φαινόμενο προβλημάτιζε επί μακρόν τους επιστήμονες. Το 1963 οι γεωλόγοι Βίκτορ Μάουριν (Viktor Maurin) και Γιόζεφ Τσέτλ (Josef Zötl) από το Πολυτεχνείο του Γκρατς, έριξαν 160 κιλά βαφής σε μία από τις καταβόθρες. Δύο εβδομάδες αργότερα ίχνη χρώματος βρέθηκαν σε πηγές στην άλλη πλευρά του νησιού, 14 χλμ. μακριά, όπως επίσης και στο λιμνοσπήλαιο Μελισσάνη. Το περίεργο είναι ότι οι καταβόθρες του Αργοστολίου είναι ένα σύστημα σχισμών που βρίσκονται σε χαμηλότερο επίπεδο από την επιφάνεια της θάλασσας και δέχονται συνεχώς τα νερά της με ορμή, ένα είδος παράλιου βαράθρου με συνεχή εισροή θαλασσινού νερού. Πολλοί επιστήμονες υποστηρίζουν ότι τα γλυκά νερά κατεβαίνουν υπογείως από τον Αίνο, υπολογίζεται ότι 1.000 κυβικά το 24ωρο, χάνονται στα βάθη της γης. Εκτός από το επιστημονικό τους ενδιαφέρον, οι καταβόθρες Αργοστολίου αποτελούν ένα από τα δημοφιλή αξιοθέατα της περιοχής για τους επισκέπτες του νησιού.