Η Ιόνιος Ακαδημία ξεκίνησε τη λειτουργία της με λαμπρές προοπτικές και με πρωτοφανή συρροή σπουδαστών και καθηγητών από όλα τα μέρη της Ελλάδας. Ωστόσο, το 1827, μετά το θάνατο του Φρεντερικ Νορθ του Γκίλφορντ, οι οικονομικοί της πόροι περιορίστηκαν σημαντικά και σιγά-σιγά άρχισε η παρακμή της. Η Ακαδημία συνέχισε να λειτουργεί μέχρι το 1864 οπότε και διέκοψε οριστικά τη λειτουργία της για υποστήριξη του νέου Πανεπιστημίου Αθηνών. Ορισμένοι καθηγητές προσλήφθηκαν στην Αθηνα, όπου μεταφέρθηκε και η βιβλιοθήκη.