Ο Ανδρέας Μουστοξύδης ήταν μια από τις σημαντικότερες φυσιογνωμίες της Επτανησιακής λογιοσύνης, από «ευγενική» κερκυραϊκή οικογένεια, στενός φίλος και συνεργάτης του Ιωάννη Καποδίστρια.

Σπούδασε στην Ιταλία, όπως πολλοί νέοι της άρχουσας τάξης των Επτανήσων. Επέστρεψε στην Κέρκυρα το 1805, έχοντας ολοκληρώσει τις σπουδές του στα νομικά. Ανέλαβε τη θέση του δασκάλου της «Ιταλικής, Λατινικής και των Γραμμάτων» στη Σχολή της Τενέδου, την πρώτη δημόσια σχολή για κρατικούς υπαλλήλους, που είχε ιδρυθεί εκείνη τη χρονιά με νόμο της Επτανήσου Πολιτείας.

Η διάλυση της Επτανήσου Πολιτείας και η υπαγωγή των νησιών αρχικά στη Γαλλική Αυτοκρατορία (1807-1814) και μετά στην Αγγλική κυριαρχία (1815) έφερε ανατροπή στα σχέδιά του, όπως άλλωστε έγινε και για πολλούς άλλους νέους, που αναγκάστηκαν να φύγουν από την Κέρκυρα. Αναζήτησε εργασία στη ρωσική πρεσβεία στο Τορίνο, όπου και τον βρήκε το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης (1821).

Ο Μουστοξύδης έπαιξε σημαντικό ρόλο, μέσα από τα κείμενά του, στην ενημέρωση Ευρωπαίων λογίων για την εξέλιξη της Επανάστασης. Με επιστολές και άρθρα, προπαγανδίζει την Ελληνική Επανάσταση στο εξωτερικό.

Το 1828 θα ακολουθήσει τον Ι. Καποδίστρια στην απελευθερωμένη Ελλάδα συμμετέχοντας ενεργά στη θεμελίωση του νέου κράτους. Οργανώνει τη διοίκηση του Ορφανοτροφείου της Αίγινας, επιβλέπει την ίδρυση Εθνικού Τυπογραφείου, του Κεντρικού Σχολείου ενώ αναλαμβάνει πρώτος διευθυντής της Εθνικής Βιβλιοθήκης που ιδρύθηκε το 1829. Τον απασχολεί έντονα η διαφύλαξη του αρχαιοελληνικού πλούτου της χώρας και, χάρη στις προσπάθειές του, συγκεντρώνονται οι πρώτες αρχαιότητες που θα αποτελέσουν τον πυρήνα της συλλογής του Αρχαιολογικού Μουσείου, του πρώτου μουσείου της χώρας.

Η δολοφονία του Καποδίστρια τον συγκλόνισε, όπως φαίνεται από την επιστολή του στον φίλο του Τυπάλδο: «Τα θλιβερά νέα, Αιμίλιέ μου, θα σου έχουν ήδη φθάσει. Αντιλαμβάνεσαι την απελπισία μου. Εδώ και δώδεκα μέρες ζω μόνο με πόνο και κλάμα. Τα όνειρά μου θόλωσαν και διακόπηκαν, ένα ασήκωτο φορτίο μου βαραίνει την καρδιά, τα μάτια μου σκοτεινιάζουν. Η απώλεια είναι σοβαρή και ανεπανόρθωτη:  η ειρήνη και η τάξη είχαν σχεδόν αποκατασταθεί, όταν τα χέρια των δολοφόνων κατέστρεψαν μια ύπαρξη που οι ευχές μας και η θεία ευσπλαχνία θα όφειλαν να παρατείνουν πέραν  των συνηθισμένων φυσικών ορίων». Η δολοφονία ανέκοψε επίσης το έργο του. Το 1833, επέστρεψε στην Κέρκυρα όπου εκλέχθηκε αντιπρόσωπος (βουλευτής) και έπειτα γερουσιαστής της Ιονίου Βουλής. Η έγνοια του για τα εκπαιδευτικά πράγματα τον ώθησε να αναλαμβάνει καθήκοντα οργάνωσης και επίβλεψης της Δημόσιας Εκπαίδευσης.

Παρά τις σπουδές του στα νομικά, έμεινε γνωστός για τα ιστορικά του βιβλία, κυρίως αυτά που αφορούν την ιστορία της Κέρκυρας. Κατά τα έτη 1843-1853 εξέδιδε το περιοδικό “Ελληνομνήμων ή Σύμμικτα ελληνικά”. Πέθανε στην Κέρκυρα, το 1860, και ετάφη στην Ι.Μ. Πλατυτέρας, κοντά στο μνήμα του Κυβερνήτη Ι. Α. Καποδίστρια.